Предпринимателям, торгующим продукцией, подлежащей обязательной маркировке, могут запретить использовать льготные режимы налогообложения. Под запрет могут попасть такие системы налогообложения как ЕНВД и ПСН (патентная система). С такой инициативой выступили чиновники министерства финансов. В настоящее время законопроект находится на стадии обсуждения.
В Основных направлениях бюджетной, налоговой и таможенно-тарифной политики на 2019 год и плановый период 2020-2021 годов, размещенных на сайте министерства во всемирной сети, содержится предложение запретить юридическим лицам и индивидуальным предпринимателям, осуществляющим розничную торговлю товарами, подлежащими обязательной маркировке, использовать две льготные системы налогообложения: ЕНВД и ПСН.
Действующее законодательство не предусматривает никаких ограничений на применение указанных систем налогообложения при продаже маркированных товаров. Однако чиновники министерства уже подготовили законопроект с поправками, которые могут быть внесены в Налоговый кодекс, в частности, в статьи 346.27 и 346.43 Налогового кодекса.